Uygulamayı kurduktan sonra menüden WhatsApp Web kısmına giriyorsunuz ve kaynak linkindeki barkodu taradıktan sonra web uygulaması mobil uygulama ile eşleşerek kullanıma hazır hale geliyor.
Sistem aslında ayrı bir uygulama olarak değil bir yansıtma olarak çalışacak. Henüz deneme şansımız olmadı ancak Jan Koum'un açıklamalarından akıllı telefonunuzda uygulamanın açık olması gerektiği ve her iki tarafın da internete bağlı olması gerektiği anlaşılıyor. Yani WhatsApp Web bir nevi uzak masaüstü uygulaması gibi çalışacak. Zira sadece Android, BlackBerry, BlackBerry 10 ve Windows Phone işletim sistemi ile uyumlu olması ve iOS platformunun bazı kısıtlamalar nedeniyle devre dışı kalması bunu destekliyor.
Bağımsız bir web uygulamasından ziyade mobil uygulamaya bağlı bir sürüm olsa da zamanının çoğunu bilgisayar başında geçiren ve iMessage gibi bilgisayarından ayrılmadan sohbet etmek isteyenler için yine de bir alternatif sayılabilir.