Demokrasi manifestosu niteliğindeki iddianameyle yargı önüne çıkarılan 12 Eylül darbecileri için 50 sivil toplum kuruluşu müdahillik talebinde bulundu. Askeri darbe sürecinde etnik ve mezhep çatışmasının temellerinin atıldığı belirtilirken, darbe sonrası bürokratik elin zihinlerdeki ayrılık ve çatışmayı derinleştirdiğinin altı çizildi. 12 Eylül dönemindeki akıl almaz işkenceler ise tüyler ürpertti. İşkenceci gurubun bir hemşireye 10 gün boyunca tecavüz ettiği ortaya çıktı. İşkencecilerin, "Solcular da namusluymuş. Kız bakire çıktı" sözü kan dondurdu. Savcılığın "İşkenceler sorgu yöntemi olmuştu" tespiti de hafızalara kazındı.

12 Eylül askeri darbesini yapan komuta kademesine dava açılmasının ardından 50 sivil toplum kuruluşu müdahillik talebinde bulundu. 12 Eylül askeri darbesine giden süreçte ülkedeki hizipleşmelerin artırılmak istendiğine dikkat çeken kuruluşlar, 500 bine yakın alevinin darbe sonrası gözaltına alındığını belirterek, Kahramanmaraş olaylarıyla mezhep çatışmasının körüklendiğini anlattı. Doğu ve Güneydoğu'daki zihinlerdeki ayrılık düşüncesinin temelinin 12 Eylül'e giden süreçte atıldığını savunan sivil toplum kuruluşları, Diyarbakır cezaevindeki kötü uygulamaların bunu pekiştirdiğini savundu.

Ankara 12. Ağır Ceza Mahkemesi'ne yapılan başvurularda 1977'deki 'Kanlı 1 Mayıs', Abdi İpekçi'nin katledilmesi, Kahramanmaraş, Çorum, Sivas olayları ve 16 Mart katliamı gibi kanlı senaryoların darbeye zemin hazırlamak isteyen gizli güçler tarafından tertiplendiği anlatılarak, "Maraş olayları olmadan önce Alevi vatandaşlarımızla beraber yaşıyorduk. Toplumda bir bölünmüşlük yoktu. Bürokratik elin yapmış olduğu uygulamalar zihinlerdeki ayrılığı derinleştirdi" denildi. 750 bin kişinin gözaltına alındığı, 1 milyon 700 bin kişinin fişlendiği, 300 kişinin cezaevlerinde öldüğü darbeye karşı hazırlanan iddianamede ise çarpıcı satırlar yer aldı.

Dönemin işkence mağdurları, "Kötü havaya alıştığımızdan temiz hava bizi çarpıyor bayılıyorduk" ifadesini kullanırken 78'liler Derneği Sözcüsü Celalettin Can, işkence grubunun 10 gün boyunca gözaltına alınan bir hemşireye tecavüz ettiğini anlattı. Malatya'da askeri havalimanında bir barakada 72 gün kontr-gerilla tarafından sorgulandığını belirten Can, "Ben askıdayken hemşire bir kızı getirdiler. Bunun acısı kendi acımı unutturdu. Kızı soymaya başlar başlamaz beni yan barakaya aldılar. Kızın siyasi bir yanı yoktu. Sol görüşlü aranan iki akrabası yemek için bunların evine gitmiş, tek suçu buydu. Beni sorgulayan 7-8 kişilik grup kıza 10 gün boyunca tecavüz etti. 'Abi kurtar beni' diye feryat ediyordu. Tecavüz edenler 'Solcuların namuslu olduğunu bilmiyorduk, kız bakireymiş' dediler" ifadelerini kullandı.

İddianameye dramatik ifadeler de yansıdı. Selim Dindar cezaevi arkadaşı Salih Besen'in kendisini ölü gardiyanları zebani sandığını anlattı. Dindar, "Yaşadıklarımızın gerçekliğinden kuşkuya düşüyorduk. Cezaevi arkadaşım Salih Besen olayında gerçeklik duygumu tamamen yitirdim. Elli yaşlarındaydı. TKİ'de memurdu. Kendisini ve bizleri ölü zannediyordu. 'Biz ölüyüz, şu anda kabirdeyiz.' diyordu. Biz, 'amca yok öyle bir şey, gerçek hayattayız' desek de, koğuşun mezar olduğunu, öyle mantıklı savunuyordu ki, ben dahil bazılarımız ölü olduğumuza inanmaya başlamıştık" diye konuştu. Dindar, "Besen, gardiyanların da zebani olduğunu söylüyordu. Bir gün cezaevi müdürü telefon etmelerine izin vermiş. Salih amca evini aramış, karşısına hanımı çıkmış. Hanımına 'Ben sağ mıyım, ölmedim mi?' diye sormuş ve ahize yere düşmüş. Salih amca içerideki vahşeti görünce, oradan sağ kurtulacağına inanamadı. Sağ kurtulduğuna inandığına ise buna kalbi dayanamadı" dedi.

Sivil toplum kuruluşları, 4 Nisan’da hakim karşısına çıkacak olan Kenan Evren ve Tahsin Şahinkaya davasına katılmak için müdahillik talebinde bulundu. STK’ların yanı sıra kişiye özel müdahillik başvurusu da yapıldı. Alevi olduğu için meslekten atıldığını belirten Cahit Polat, “Davaya katılıp hakkımı aramak istiyorum. 12 Eylül’den sonra mesleğine iade edilmeyen tek kişi benim” dedi. Sivil toplum kuruluşlarından bazıları ise şunlar: Büyük Birlik Partisi, Eşitlik ve Demokrasi Partisi, Demokrasi ve Özgürlük Hareketi, Özgür Demokratik Alevi Hareketi, Yargıda Reform Grubu, Mazlum-Der, İnsan Hakları Derneği, Genç Siviller Hak ve Özgürlükler Platformu, Hukukçular Derneği, Devrimci 78’liler Federasyonu, Dev-Sol Derneği.